Gopher menülerinde görülen "Subjest Trees" seçenekleri, Gopher sistemi ile erişilebilen bilgileri konularına göre gruplayıp her bir grubu oluşturan seçilmis yerlere linkler koyarak oluşturulmaktadır. Böylece, Matematik, Biyoloji, Ekonomi vb şeklinde konulardan (Subject) oluşan bir menü sistemi ortaya çıkmaktadır. Değisik merkezlerde değisik "Subject Trees" olabilir. Genellikle, gopher servislerinde "tanınmış Subject Trees"lere linkler bulunur.

"Gopher Jewels", Subject Trees yaklaşımındaki gibi, Gopher ile ulaşilabilen bilgileri bazı seçilmiş konulara göre sınıflayarak üst menüler oluşturur ve ek bazi kolaylıklar sağlar. Aranan bilginin (keyword(s)) geçtiği bütün konu başlıkları ayırım yapılmaksızın listelenir. Gopher Jewels menüleri içinden jughead taraması yapilabilir. Menü sistemi içinde, bir menüden ara menüler atlanarak herhangi bir başka menüye, hatta en baştaki menüye geçilebilir.